Licenciado em Engenharia do Ambiente (FCT/UNL) e Pós-Graduado em Economia e Estudos Europeus (ISEG/UTL), Rui Gonçalves é atualmente Coordenador do Grupo de Trabalho Polis Litoral da Agência Portuguesa do Ambiente. Exerce ainda as funções de Presidente não executivo das empresas multimunicipais de gestão de resíduos Resiestrela e Valnor. A nível internacional, é perito da DG Alargamento da Comissão Europeia para as áreas do Ambiente e Energia.
Ao longo da sua carreira ocupou diversos cargos ligados às políticas de ambiente e florestas. Enquanto Secretário de Estado do Ambiente no XIV Governo Constitucional estabeleceu o quadro normativo sobre avaliação ambiental, prevenção e controlo integrados da poluição, indústria extractiva e energias renováveis. Promoveu a elaboração, discussão pública e aprovação do primeiro Plano Nacional para as Alterações Climáticas.
Como Secretário de Estado do Desenvolvimento Rural e das Florestas no XVII Governo impulsionou o concurso nacional de centrais de biomassa, fez aprovar as Zonas de Intervenção Florestal e o Plano Nacional de Defesa da Floresta contra Incêndios. O Inventário Florestal e a Estratégia Nacional para as Florestas foram desenvolvidos durante o seu mandato.